昆剧的兴盛和它称霸剧坛的时间约长达二百三十年久，即从明代隆庆、万历之交开始，到清代嘉庆初年（1570-1800）。这是昆剧艺术最有光辉和成就最为 显著的阶段，出现“家家收拾起、户户不提防”的繁荣景象。剧作家的新作品不断出现，表演艺术日趋成熟，行当分工越来越细致。从演出形式看，由演出全本传奇，变为演出折子戏。折子戏的演出既删除了软散的场子，又选出剧中的一些精彩的段落加以充实、丰富，使之成为可以独立演出的短剧。折子戏以其生动的内容，细致的表演，多样的艺术风格弥补了当时剧本的冗长、拖沓、雷同的缺陷，给昆曲演出带来生动活泼的局面。出现了一批生、旦、净、丑本行为主的应工戏，是观众百看不厌的精品。

    这一阶段里，昆山腔兴盛使得文人创作如春潮般涌起，名家名作层出不穷。在戏剧史上、文学史上第一流的作品如汤显祖的“临川四梦”（《牡丹亭》、《南柯记》、《邯郸记》、《紫钗记》），洪昇的《长生殿》、孔尚任的《桃花扇》都产生在这个时期，稍次的作品但影响也很大的有沈景的《义侠记》，高濂的《玉簪记》、周朝俊的《红梅记》、汪廷纳的《狮吼记》、徐复祚的《红梨记》、李玉的《一捧雪》和《占花魁》、朱佐朝的《渔家乐》、朱素臣的《十五贯》、方成培的《雷峰塔》等等。在漫长的岁月里，昆剧不断地遵循要求自身发展必须兼收并蓄的艺术规律，不但把原先根本不是昆山腔唱的“北曲”逐步改造适应，使之成为“北曲南唱”吸取过来，且和同时盛行各地的弋阳腔交流频频，和弦索调、调腔、吹腔、小曲等也不拒绝。还把说唱艺术、舞蹈等成份有意揉合在演出中使表演形式绚烂多彩。

    昆剧的繁盛时期，拥有大批技艺高超的演员。昆曲演员主要来自三个方面：一是民间戏班的职业艺人，从京城到乡镇都有专业昆腔班，流动演出于各地，涌现出一大批各个行当的精英；二是士大夫蓄养的家班、家乐，以示风雅，凡名妓、家姬都能串戏，士大夫本身也是串戏迷，其水平不亚于专业戏班，其中不乏出类拔萃的人才；三是业余“串客”，士农工商皆会唱曲。每年在苏州虎丘“千人石”举行盛大的群众性的唱曲比赛，虎丘曲会传承至今。万历时期，著名演员有蒋六、宇四等，著名的昆曲戏班有南京的沈周班，士大夫蓄养的家班有申时行、张岱等。明末清初，士大夫蓄养家班成风，著名的有阮大铖家班、长洲尤桐家班等。著名戏班有北京的聚和、三也、可娱，南京的兴化。苏州的寒香、凝碧等。

    其时，戏曲理论研究相当活跃，明代研究唱曲的论著有魏良辅的《南词引正》、沈宠绥的《弦索辨讹》和《度曲须知》。从明代中叶起，戏曲创作日渐繁荣，各种曲谱应运而生。先是蒋孝根据陈白二氏旧编《南九宫目录》及《十三调南曲音节谱》编成《南九宫谱》，万历音，沈景据蒋谱面编订了《南九宫十三调曲谱》。明末，沈景的族侄沈自晋又将沈景《南九宫十三调曲谱》增补为《南词新谱》。明代人写北曲遵循的曲谱有朱权的《太和正音谱》，明末又有徐于室初辑，李玉编成的《北词广正谱》。关于戏曲作家与作品研究的专著，则应推吕天成《曲品》和祁彪《远山堂曲品剧品》，王骥德《曲律》则是中国戏曲史上第一部全面的、系统的、独创性的理论著作。清代的唱腔曲谱有乾隆十一年（1746） 编成的《九宫大成南北词宫谱》，乾隆五十四年（1789）编成的《吟香堂曲谱》，乾隆五十七年（1792）编成的《纳书楹曲谱》等。

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